Kıyı kenar çizgisine, ilan süresi içinde veya dışında kamu kurum ve kuruluşları ve ilgilileri itiraz edebilir. İtirazlar valiliğine yapılır. İtirazlar, kıyı kenar çizgisi tespit komisyonunca onbeş gün içinde incelenir. İnceleme sonuçlarını ve gerekçeli görüşlerini içeren komisyon raporu değerlendirilmek üzere bakanlığa gönderilir. Bakanlık itirazı, komisyon raporunu da dikkate alarak inceleyip karara bağlar.

 3621 sayılı kıyı kanununun uygulanmasına dair yönetmelikte onaylı kıyı kenar çizgisinin değiştirilebileceği hallere açıklık getirilmiştir. Bu kapsamda söz konusu yönetmeliğin 9. Maddesinde yer alan “onaylı kıyı kenar çizgileri; A) kıyı kenar çizgisinin suya düşmesi, B) mükerrer kıyı kenar çizgisinin bulunması, C) kıyı kenar çizgilerinin kenarlaşmaması, Ç)yargı organlarınca kıyı kenar çizgisinin iptali ya da ikinci bir kıyı kenar çizgisinin tespit edilmesi, D)daha evvel kıyı özelliği göstermediği halde, malzeme alımı sonucunda oluşan su alanları nedeniyle, bu alanları kıyıda bırakacak şekilde tespit edilen kıyı kenar çizgileri, bu su alanlarının deniz, göl veya akarsu ile doğrudan bağlantılı olmadığının kıyı kenar çizgisi tespit komisyonunca belirlenmesi, Halleri dışında değiştirilemez.” Hükmü doğrultusunda yapılan değişiklik talepleri  Bakanlığımızca da uygun bulunması durumunda değiştirilebilmektedir. Ancak, yönetmelikte de açıkça belirtildiği üzere bu haller dışında kıyı kenar çizgileri değiştirilemez.